Aumento della difficoltà dell'intervento chirurgico: Il principale svantaggio della laparoscopia monoporta è l'aumento della difficoltà dell'intervento. Nella laparoscopia monoporta, poiché tutti gli strumenti operatori entrano attraverso un unico canale, lo spazio operativo è ristretto, gli strumenti si incrociano tra loro e è facile che si ostacolino a vicenda, fenomeno noto come "effetto bacchetta cinese". In particolare, nell'ambito della laparoscopia monoporta, l'operazione di sutura al microscopio può essere eseguita per la maggior parte del tempo con una sola mano.

Elevate esigenze per il chirurgo: poiché gli strumenti operatori si trovano spesso sulla stessa linea parallela rispetto all'obiettivo, nella laparoscopia monoporta scompare l'area triangolare tipica della laparoscopia convenzionale; pertanto, il chirurgo deve ri-percepire la posizione degli strumenti e la profondità delle strutture anatomiche, il che riduce la precisione dell'operazione. Inoltre, durante l'intervento, gli strumenti possono facilmente ostruire l'obiettivo. Talvolta, per tenere conto dell'operatività degli strumenti, l'obiettivo stesso deve subire opportune concessioni, rendendo difficile ottenere il miglior campo visivo chirurgico.

Pertanto, la laparoscopia monoporta richiede competenze e abilità superiori da parte dell'operatore; ciò rende l'intervento più difficile e più lungo, limitando in certa misura anche la diffusione su larga scala della laparoscopia monoporta.